Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan dahil olmak üzere devletin üst kademelerine dağıtılan kriptolu telefonların dinlenmesiyle gündeme gelen TÜBİTAK, Fethullahçı Terör Örgütü'nden (FETÖ) temizlendi. TÜBİTAK'ta 2 yıllık süre içinde toplamda bin 237 Paralel Yapı mensubu hukuki yollarla görevden alındı. Bunlardan sözleşmesi biten 106 çalışanın sözleşmesi yenilenmedi. 536 kişinin iş akdi feshedildi. 595 paralelci çalışanın ise emekliye sevk, istifa ve deneme süresi sonunda reddetme sebebiyle TÜBİTAK'la ilişkisi kesildi. 2015'te TÜBİTAK'ın toplam 163 yönetici kadrosunda değişikliğe gidildi.
